Partizipation im Zinnoberhaus, im Sinne von Mitwirkung, Mitgestaltung und Mitentscheidung gründet auf Dialog und Partnerschaft und ermöglicht es Mädchen und Jungen mit unterschiedlichen Entwicklungsvoraussetzungen, bei Entscheidungen und Angelegenheiten beteiligt zu sein, die sie selbst betreffen. Dieses Mitbestimmungsrecht kann aktive Beteiligung bei der Gestaltung des Tages sein, oder aber die Entscheidung hierüber, was und wie viel Mädchen und Jungen essen und kochen wollen, wie viel Schlaf und Ruhe sie brauchen, und an welchem Angebot sie teilnehmen oder nicht teilnehmen möchten. Partizipation spiegelt hier nicht nur das Recht der Mädchen und Jungen zur Mitbestimmung, wie z.B in der UN-Kinderrechts-konvention oder im SGB VIII festgehalten, es spiegelt auch die Anerkennung der Vielfalt (Diversity).
In der praktischen Umsetzung geschieht Partizipation durch die aktive Einbeziehung der Kinder in die Speiseplanung. Kinder dürfen ihre Lieblingsrezepte einbringen und auch selbst kochen. Auch bauliche Wünsche finden Berücksichtigung. So haben sich die Kinder der Kindergartengruppe bei der Geschäftsführerin beispielsweise bewegbare Fensterläden im Baumhaus gewünscht und konnten diese dann gemeinsam mit einem Architekten und Schreiner planen und realisieren.